Biomasa używana do produkcji biopaliw może truć środowisko naturalne bardziej niż dotychczasowe paliwa kopalne. Brytyjska Agencja Ochrony Środowiska wykazała w swoim raporcie, że już samo oranie ziemi pod przyszłe uprawy pro-energetyczne do 2030 roku prawdopodobnie spowoduje więcej szkód dla środowiska niż używanie paliw węglowych i ropopochodnych.

Zdaniem tej agencji, przemysłowa produkcja biomasy powinna być dokładnie kontrolowana, bo uprawianie części gatunków i stosowane przy tym techniki mogą się przyczynić do dużej emisji gazów cieplarnianych. Ponoć najbardziej szkodliwe są uprawy wierzby, topoli i przemysłowa produkcja oleju rzepakowego. Z drugiej strony bardzo oszczędne będzie zużycie odpadów drewnianych i płyt pilśniowych, czy też paździerzowych. Wg. raportu komisji biomasa jest opłacalna jedynie wtedy, gdy spalane rośliny będą zastępowane nowymi i do uprawy i transportu użyje się ekologicznych rozwiązań.

Nawet najbardziej ekologiczna i oszczędna produkcja biopaliw z biomasy podobno spowoduje emisję 7 kg CO²kWh, to zaledwie o 2% mniej, niż tradycyjne spalanie węgla kamiennego. W skali roku, zastępując biomasą węgiel, można by było oszczędzić ok. 2 milionów ton CO² rocznie. Tony Grayling, członek agencji, twierdzi, że dla osiągnięcia właściwej wydajności biomasy potrzebne by było połączenie pozyskiwanego z niej ciepła z produkcją energii (patrz. kogeneracja). Cyt.: "Ilość dostępnej biomasy jest ograniczona. Musimy zatem mieć pewność, że nie będzie ona marnowana w niewydajnej produkcji" - mówi Grayling.